抗日战争爆发后，中共厦门工委鉴于抗战形势的日益严峻，决定在南（安）同（安）边区成立中共南同边区支部，以便建立抗日武装力量，开展抗日武装斗争。在中共厦门工委的领导下，中共南同边区支部于1937年7月宣告成立。南同边区支部的前身是中共厦门中心市委于1934年5月建立的中共南同边区区委。但是，安南永革命根据地斗争失败后，区委遭到了严重摧残。为了恢复这一地区党的组织，1936年12月，中共厦门工委派遣共产党员吴金埕回莲河地区开展革命活动，为重建党组织做准备。吴金埕回去后，与共产党员吴天影配合，深入群众，成立了互济会。中共南同边区支部即是在这个互济会中的共产党力量的基础上组成的。吴金埕任书记，张钦锭、吴天影分别为组织委员和宣传委员。
1937年10月金门沦陷后，南安、同安沿海地区连续遭到日军飞机的狂轰滥炸，针对这种情况，中共厦门工委指示南同边区支部广泛发动各阶层群众，酝酿成立抗敌后援会。11月，莲河抗敌后援会正式成立，由李安水任主任，中共南同边区支部书记吴金埕兼任政治委员。后援会下设警备队、纠察队、救护队和抗日剧团，其中警备队拥有武装30余人，由中共南同边区支部直接领导。
中共南同边区支部成立后，积极发展党员，壮大党的组织。到1938年，这个支部已有党员近20人。支部分为巷东、南星、莲河3个小组。继莲河抗敌后援会成立之后，黄永妙在马巷也成立了抗敌后援会和抗日剧团，在该地区开展抗日救亡宣传。黄永妙在筹组马巷抗敌后援会的同时，还联络抗战前隐蔽下来的中共党员宋公铺，于1937年11月成立了同安锄山抗日民族解放先锋队。锄山抗日民族解放先锋队拥有队员400多名，是抗战时期中共厦门工委在同安的一支重要武装力量。1939年初，锄山抗日民族解放先锋队通过内应攻打马巷镇公所，威慑了同安国民党反共当局。
由于国民党当局实行片面抗战路线，惧怕民众抗日武装力量的发展，1938年秋，莲河抗敌后援会被国民党南安县政府解除了武装。这年冬，马巷军统特务也露出了狰狞面目，企图加害黄永妙。为了保证黄永妙的安全，马巷抗敌后援会只好解散。已经暴露色彩的吴金埕和黄永妙，分别隐蔽到小学当教师，继续从事地下工作。
1942年1月，吴金埕在霞浯被国民党南安侦缉队逮捕，中共南同边区支部遭到了破坏。
锄山抗日民族解放先锋队也在攻打马巷镇公所事件后暴露了色彩。事件发生后的第二天，该队队员朱步竹被逮捕杀害。随后，宋公铺、宋代、宋温等骨干也相继被捕遇害。形势越来越严峻，但在锄山小学任教的苏琛渊毫不畏惧，仍然继续坚持抗日斗争，直至1945年9月被捕牺牲。
厦门沦陷期间，驻扎在厦门附近地区的国民党驻军中的爱国官兵，也不时袭击驻厦日军。1942年7月1日夜，闽南驻军某部乘夜渡海，分路袭攻厦门禾山和鼓浪屿，直捣市中心，击毙敌人甚多。1944年4月1日晚上，驻沿海的国民党军某部又派精锐小队，渡海袭击厦门伪保卫团团部和禾山敌飞机场，俘虏伪保卫团团长何炳等。
抗日战争爆发后，内迁安溪、长汀的集美学校和厦门大学的师生们也没有忘记祖国的安危。他们满怀爱国热情，创办抗日刊物，组建抗日剧团，组织宣传队，深入山区各县开展抗日救亡宣传，为祖国的抗战事业作出了自己的一份贡献。
1937年11月，集美学校内迁安溪，师生们不顾旅途劳顿，一御下行装就把师生战时服务团歌咏队、演讲队的175人分成8个小组，分别在县城内外开展抗日救亡宣传，在当地群众中引起很大反响。此后，类似的大规模宣传活动又进行了多次。
1937年12月厦门大学内迁长汀后，组织了20个宣传队深入长汀城乡宣传，揭露日军侵华罪行，唤醒长汀人民抗日救国。
厦门大学还在学生中成立了党支部，根据上级党组织“长期隐蔽、积蓄力量、等待时机”的指示，通过组织读书会、助教会、篮球队等，团结广大师生共同投身抗日救亡的洪流。不少学生毅然投笔从戎，走上抗日最前线。
在八年抗战中，集美学校和厦门大学的师生把自己的青春热血奉献给了伟大的民族解放战争，有些人甚至为此付出了生命。中共党员陈松生就是这样的典范。由于陈松生鲜明的抗日立场和坚定的革命态度，长汀地方当局和复兴社特务在多次威胁利诱、软硬兼施无效的情况下，于1939年8月14日向他下了毒手。陈松生牺牲时年仅27岁。陈康容和李林，也都为抗日献出了年轻的生命。
由于中国人民的顽强抵抗和世界反法西斯战争的胜利发展，中国的抗日战争最后取得了胜利。
1945年7月26日，中、美、英三国发表《波茨坦公告》，促令日本投降。8月8日，苏联政府依据《雅尔塔协定》，对日宣战。8月9日，苏联红军向占领中国东北的日本关东军发起全面进攻。当天，毛泽东发表《对日寇的最后一战》，号召举行全国规模的战略反攻。根据中共中央的命令，各抗日解放区军民立即展开全面大反攻。8月15日，日本天皇裕仁宣布无条件投降。9月2日，日本代表在投降书上签字。
9月28日，国民党驻厦海军在鼓浪屿海滨饭店举行受降签字仪式，10月3日，国民党厦门市政府在思明西路柏原旅社接受侵厦日军投降，厦门人民同全国人民一道以极大的爱国热情欢呼中国抗日战争的伟大胜利。