1931年3月中共福建省委被破坏后不再重建，福建的革命活动从此处于分管状态，先是成立厦门与福州两个中心市委，抗日战争以后，又形成了闽粤赣边区和闽浙赣边区两个系统。这两个系统一直延续到新中国的建立。
解放战争时期，上述两个系统都派出党员到厦门建立党组织，因此，这一时期厦门出现了三个不同隶属的地下党组织，即隶属闽浙赣边区系统的中共厦门工委（闽中）、中共厦门市委（城工部）和隶属闽粤赣边区系统的中共厦门市工委（闽西南）。
一、中共厦门工委（闽中）的建立
1945年9月，抗日战争刚刚结束，中共福建省委下属闽中特委，即把准备迎接南下部队而组织起来的挺进工作队转派厦门开展党的工作。工作队由许集美、郑种植、施能鹤3人组成，许集美任队长。
这是自1938年5月厦门沦陷、地下党组织撤出厦门之后，最早进入厦门的地下党组织。许集美等3位年轻的共产党员，肩负党的使命，以大无畏的革命精神，在刚刚光复的厦门闯出了一条革命之路。
许集美等同志进入厦门后面临的第一个问题，就是没有一个适当的立足之地。就在此时，厦门沦陷前离厦的一些进步青年陆续从外地返回厦门。原厦青团团员吴学诚、胡冰回来后，住在胡冰的母亲所主持的励志路1号妙法林斋堂，正在设法寻找党组织。抗日救亡积极分子林仪贞也从香港回到厦门家里，同她的父亲住在一起。林仪贞的哥哥林松龄，是许集美的老师，也是他的入党介绍人。此时，林松龄从安溪回到厦门看望他久别的父亲和妹妹。许集美到林家拜访老师时，碰到了也去拜访厦青团老战友林松龄的吴学诚。就这样，许集美与吴学诚认识了。妙法林斋堂在厦门沦陷前就是中共厦门工委开展抗日救亡活动的一个点，斋堂后面尚有空余的房间。吴学诚即带许集美到斋堂实地考察。
此后，许集美等人就以妙法林斋堂作为党的活动点，有了立足的地方。他们以此为据点向四面八方“出击”，并取得了战果。从1945年冬天至1946年4月，他们在国民党中央日报社先后发展了吴学诚、洪国琮等同志入党，又在厦门侨师和集美学校发展了一批党员，在侨师成立了1个党支部，在集美学校成立了3个党支部（包括1个女生支部）。
1946年4月，中共厦门工委在妙法林斋堂正式成立，许集美任工委书记，郑种植、施能鹤为工委委员。工委隶属中共泉州中心县委（习惯上称这个工委为闽中地下党）。
1946年6月，许集美调回泉州，工委工作由郑种植负责。郑种植调离厦门后由叶振汉负责。
1947年10月，刘双恩接任工委书记，郑秀宝任组委，梁明富任宣委。工委机关设在公园东路76号。
1948年10月，刘双恩调离厦门，郑秀宝代理工委书记。
1949年1月，工委领导机构作了调整，郑秀宝任工委书记兼组委，庄建国任宣委，黄荣琨任青委，梁明富、林遂锦为工委委员。工委领导机关再次设在妙法林斋堂。
1949年5月，郑秀宝调离厦门赴泉州。6月初，中共泉州中心县委城市工委派周乔林到厦门，在升平路17号革命群众张人希家里开会，宣布杨梦周为工委代理书记，梁明富为组委，叶绍书为宣委，李永裕为青委，胡惠聪为妇委（7月底由陈篱香接任）。会上讨论了支援游击战争和配合解放军解放厦门等工作任务。
同年8月底，根据闽中游击队泉州团队副政委郑种植的指示，厦门工委撤出厦门岛到厦门附近乡镇开展活动。经工委研究决定，由苏琳辉、周荣淮、吴静邦3位同志组成工作团，在市区坚持地下斗争。工作团由苏琳辉负责，直到10月17日厦门解放。
从1945年9月派出许集美等同志到厦门恢复党的活动至1949年10月17日厦门解放的四年间，中共厦门工委共建立了5个党总支、21个党支部，发展党员300余名。
二、中共厦门市委（城工部）的建立
1946年春，中共福建省委闽江工作委员会（简称江委，即省委城市工作部前身），决定由所属的学生工作委员会（简称闽江学委）负责开辟厦门工作。3月，江委调党员黄猷从福州协和大学转学到厦门大学。黄猷从家里争取到一笔资金，于4月间在鼓浪屿龙头路71号开办启新书店，经销进步书刊，为社会和厦大新生院师生提供革命精神食粮，起了传播马列主义的作用。同年7月，江委派学委委员王毅林到厦门开展工作。王毅林来厦后，先后发展林华等3人入党，成立了城工部在厦门的第一个党小组。1947年2月，中共闽浙赣区委（1946年11月至1947年1月召开的中共福建省代表会议决定将中共福建省委改为中共闽浙赣区委，简称闽浙赣区党委）城市工作部成立，闽江工委被撤销。4月，遵照闽浙赣区党委城工部指示，中共漳泉厦临时工委在共和路22号成立，由王毅林任书记，黄猷任宣传委员，林华任组织委员。
1948年2月1日，省委（1947年9月，中共闽浙赣区委改称中共闽浙赣省委，简称省委）城工部部长李铁发给城工部厦门党组织一封指示信，要求认真贯彻1月在福州高湖召开的干部会议精神，成立城工部厦门市委，由王毅林为书记，林华为常委，其余成员由王、林提名上报省委城工部。信中约定5月为下一次联系的时间。同年5月，城工部厦门市委在鼓浪屿内厝澳229号成立，王毅林、林华、陈道圣（陈淮）、许文辛为常委，洪津淇、黄卫世为委员，王毅林任书记。市委领导机关设在鼓浪屿内厝澳197号2楼。
1949年4月1日，中共厦门工委（闽中）宣传委员李托（庄建国）向城工部厦门市委转达闽中游击支队关于解散城工部党组织的决定，提出城工部厦门党组织必须解散。随后，厦门街头出现闽中游击支队公开张贴的布告，宣布城工部已被解散。
闽中游击支队的错误做法，给城工部厦门党组织造成极大的麻烦。城工部厦门市委立即于4月2日在厦禾路298号2楼召开紧急会议研究对策。他们从党的全局利益出发，决定自4月10日起停止活动。市委领导成员离开厦门去香港，联系上级组织，反映城工部问题。
城工部厦门市委在被解散之前，党的建设取得很大成绩，先后建立了2个党总支、20个党支部、3个直属党小组，有党员184人。城工部被错误解散后，一部分党员重新加入闽西南或闽中党组织，一部分回到各自故乡参加革命。
三、中共厦门市工委（闽西南）的建立
1945年12月，中共闽南特委为贯彻中共闽粤边临委关于“争取和平民主、发展革命力量”的指示精神，派遣罗琳为白区特派员，开辟厦门和漳州等地的工作。翌年3月，罗琳在厦门召集张连等人开会，决定恢复安溪、南安、永春边区等县工作，建立党的秘密组织，筹建中共厦门市委。7月，特委又派遣陈华到同安中学以任教为掩护，协助并准备接替罗琳领导白区工作。在此期间，张连发现同安中学校长李安水是一位抗战初期入党，之后失去组织联系的老同志。经过考察，党组织恢复了李安水的组织关系，并决定以同安中学为据点，开展同安、厦门的白区工作。同年9月，中共同安中学支部成立，陈华任支部书记。到1947年2月，同安中学支部共发展师生党员30余人，遂决定成立党总支，由王新整任总支书记，下设教师、学生2个支部。党总支由陈华直接领导。
1947年初，党组织派遣林岗到厦门厦西小学当教师，并以此为掩护开辟厦门工作。10月间，林岗认识了厦门大学进步学生杨申，经过考察和培养，于1947年2月吸收杨申入党。接着，杨申又发展叶森毓等厦大学生入党。3月中旬，中共厦门大学临时支部建立，党员5人，杨申和张卓云分别担任正、副书记。随后不久，陈华到厦门大学领导临时党支部委员开展整风学习，总结工作后，厦大临时支部转为正式支部，蔡重明任支部书记。在此前后，党组织还在厦门市小学教育界建立了中共小教支部（林岗任书记），在侨师建立了中共侨师支部（毛河先任书记），它们均归厦大支部领导，因而厦大党支部起到了相当于党总支的作用。7月，根据闽南地委（1946年10月至11月召开的中共闽粤边临委扩大会议决定改各特委为地委）指示，正式成立了中共闽南地委厦门市工委（习惯上称为闽西南地下党），陈华任书记，林岗、杨申为委员。到12月，党员由5人发展到30人。
1947年11月，由于中共闽南地委宣传部长罗琳被捕叛变，导致中共厦门市工委书记陈华被捕，厦门大学党支部在获知消息但又与上级失去联系的情况下，与老党员、历史系教授熊德基商量决定：（一）5名支委立即撤往香港，到港后设法找到香港分局，恢复与上级组织联系；（二）重新选举黄英瑞（陈君实）等3人组成新的厦大支委会，接受熊德基的领导，负责与侨师、双十中学支部的联系。
1948年春，厦大党支部征得香港原支委的同意，恢复了党组织活动，继续发展党员。同年5月，在中共香港分局的关怀下，在香港成立了中共泉厦临时工作委员会。6月底，临时工委派遣组织委员叶森毓从香港回到厦门执行任务，旋即组建中共厦门临时工委，统一领导厦门地区（闽西南）党组织。工委书记黄英瑞，归中共泉厦临时工委领导。
1949年2月，陈华出狱，把厦门临工委重新恢复为中共厦门市工委，由熊德基任工委书记，统一领导厦门、同安党组织。同年5月，中共安溪中心县工委成立，代替中共泉厦临工委行使职能。
1949年5月，中共闽南地委特派员施耀到厦门，传达地委指示，成立了中共厦门临时市委，熊德基任临时市委书记，纪华盛任组织委员，廖开治任宣传委员。临时市委机关设在厦门开禾路125号。
从1945年底闽南特委派出党员到厦门开辟工作到厦门解放，闽西南厦门地下党组织的发展经历了曲折的过程，其间组织名称变化较多。依靠全体党员的努力，至1949年5月，中共厦门闽西南党组织建立了16个党支部，有党员300多名，党的基层组织遍布各大中学和部分工厂、农村。
四、积极慎重壮大党的队伍
先后进入厦门的闽中地下党组织、城工部地下党组织和闽西南地下党组织，都把党的建设、壮大党的队伍，列为重中之重的任务。
抗日战争胜利后的厦门，没有共产党员，没有党的组织，一切从零开始。不但如此，厦门仍然在国民党的统治之下，共产党的一切活动，都被视为非法，不得不处于地下状态，一举一动都要慎之又慎。然而，共产主义事业是正义的事业，真理在共产党一边。共产党人的本事就是敢于在荆棘丛生的地方走出路来。从抗战胜利至厦门解放的四年间，厦门三个地下党组织经过努力，共计发展了700多名共产党员，建立了近60个党支部，党员发展之多，党组织建立之快，超过了以往任何一个革命历史时期。党员的发展和党组织的建立，推动了各项革命工作的迅猛发展；各项革命工作的迅猛发展，又加速了党的队伍的扩大和党组织的建立。
闽中地下党组织发展的第一个党员是在国民党《中央日报》任副刊编辑的吴学诚。他是厦门沦陷时成立的厦门青年战时服务团团员，厦青团被解散后前往香港、缅甸，在那里继续参加抗日救亡运动。厦门光复后，吴学诚回到久别的故乡，多方寻找党组织。经厦青团团员、共产党员林松龄介绍，吴学诚认识了许集美。后来，许集美做了吴学诚的入党介绍人。吴学诚入党后，革命热情倍增。他根据党的要求，从副刊作者中了解作者思想倾向，有选择地同他们接触联系，以交谈稿件为由，进一步摸清作者情况，按党员要求，对他们进行培养教育。同吴学诚联系的郑种植，经常听取吴学诚的汇报，并对他作指示，使建党对象成熟一个，发展一个。经过几个月的努力，吴学诚发展了《中央日报》校对洪国琮及副刊作者、厦大学生吕荣春等人入党。这些被吸收入党的同志，对壮大党的队伍都有很强的责任感，他们自觉地去联系群众，物色建党对象，帮助他们提高政治觉悟，然后把符合党员条件的吸收到党内来。
闽中地下党组织的活动范围比较广泛，除了在厦门大学、侨师及省中等中等学校开展建党活动之外，还在社会上发展了不少党员，在农村、医院、新闻界、邮政局，甚至在居民中，凡是有群众的地方，他们就把建党工作做到那里去。以刘惜芬为例，她原是医院的一名护士，是以这个职业谋生的。但她又是一个很有正义感的人，爱憎分明。抗战胜利后，她从医院回到家里，在家里开业，继续做救死扶伤的工作。她的亲戚胡惠敏是一名共产党员，发现她是棵好苗子，便对她进行培养教育，借进步书刊给她看，给她讲革命道理，又把一些革命任务交给她，从革命实践中去锻炼她、考验她，最后把她吸收入党。
闽西南和城工部地下党组织的工作重点在学校，都是以厦门大学为突破口，在有了一定基础之后再延伸到各个中学。闽西南地下党组织在厦门的300多名党员中，来自厦大的就有209人；城工部地下党组织在厦门的184名党员中，来自厦大的也有98人。
三个地下党组织基本上贯彻执行了“积极慎重”的建党方针，他们努力做到“三个结合”，即把发展组织同群众斗争相结合；把从思想上建党同组织上建党相结合；把考察思想认识与重在政治表现相结合。同时，他们还坚持“三有”，就是要求那些建党对象，对国民党反革命本质要有认识；对科学社会主义有较清晰的理解和有坚定的信念；对共产党的性质、当前任务和最高纲领有明确的认识。除此之外，他们还要向建党对象了解其经历、思想和家庭情况。由于党组织在审查建党对象的过程中采取严肃认真的态度，重视思想入党，使参加组织的党员，对共产主义的信仰大都能建立在科学理论的认识基础上，成为有理想、有觉悟和有一定组织才能，又严守纪律、有献身精神的共产党员。
在地下斗争时期，马列主义书刊是“非法”的，被禁止的，不容易看到。为了使尚未入党的积极分子提高马列主义水平，地下党组织总是千方百计搜集这些读物。这些读物的主要来源在香港。他们同香港有关方面（朋友或地下党组织）取得联系，约好投递方法，选好可靠的邮差，采取虚构的地址和收件人接收邮件。这样做，即使被敌人发现，也抓不到地下党的同志，但却可以安全无误地把书刊送给地下党组织。当时，从香港寄来的书刊主要有《群众》、《正报》、《华商报》以及《整风文献》、《小二黑结婚》、《李有才板话》、《李家庄的变迁》等。党组织收到后，严格管理，务使每本书刊都能发挥最大的作用。
革命活动和学生运动是对积极分子最好的锻炼和考验。是否积极参加学生运动及其他革命活动，成了当时在校学生能否参加共产党的重要条件。在当时的历史条件下，学生运动是党在城市里开辟的第二战场，对内战中的正面战场起配合作用。因此，学生运动也就是革命运动。厦门汹涌澎湃的学生运动，考察和考验了学生，学生也在学运中大显身手，“在游泳中学会游泳”。厦门地下党组织在解放战争时期之所以发展了那么多党员，同学生运动的开展有密切的关系。
地下党组织重视思想教育和革命实践的锻炼，使建党对象的数量和质量都有了保证，所发展的700多名党员绝大部分都能起先锋模范作用。他们在国民党血腥统治、白色恐怖中，经受了考验。当革命需要时，绝大部分同志舍弃城市生活，奔赴游击区参加游击战争，其中有些人献出了生命。也有人服从革命需要，留下来坚持地下斗争，直到厦门解放。历史证明，这支在解放战争中组建起来的地下党队伍，是忠于党的有战斗力的队伍。