【唐以前】  厦门岛古称嘉禾屿，别称鹭岛。汉代属侯官县地。晋太康三年（282年）隶属同安县（后并入晋安县）。隋唐时期为南安县属地。唐代中叶，厦门岛被称为“新城”，后在岛上设置嘉禾里。后唐长兴四年（933年）改隶同安县。

【宋元时期】宋代，嘉禾里隶属同安县绥德乡。元代改里为都，厦门设四个都，即二十一都、二十二都、二十三都和二十四都，仍属同安县绥德乡。

【明清时期】 明代实行里都图制，厦门为嘉禾里，下设四个都，每个都下辖两个图。明洪武二十七年（1394年）永宁卫的中、左两个千户所移驻嘉禾屿，并筑厦门城，此后遂以中左所作为厦门岛的代称。明永历九年（清顺治十二年，1655年），郑成功改中左所为思明州，所辖境域包括厦门岛、鼓浪屿、浯洲（大金门）、烈屿（小金门）等岛屿。康熙十九年（1680年）清军攻占思明州。康熙二十二年，福建水师提督移驻厦门，翌年设立台厦兵备道（雍正五年改为台湾道），管理台湾、厦门两地政务。康熙二十五年泉州府海防同知移驻厦门。雍正五年（1727年）分守兴泉道移驻厦门，雍正十二年改称兴泉永道，管辖兴化府（今莆田）、泉州府和永春州。至此，厦门成为福建东南沿海的军事、政治、经济中心。鸦片战争之后，清政府被迫与英国签订《南京条约》，厦门成为《南京条约》中规定的五个通商口岸之一。道光二十三年九月十一日（1843年11月2日），厦门正式开埠。光绪二十八年十月二十二日（1902年11月21日），清政府正式批准《厦门鼓浪屿租界土地章程》，鼓浪屿成为“万国租界”。

【民国时期】 清宣统三年（1911年）辛亥革命爆发，同年九月二十四日（11月14日）厦门光复。翌日，成立福建军政府厦门军政分府，随即恢复兴泉永道，仍为省级政府的派出机构，在行政区划上，厦门岛仍属同安县嘉禾里。1912年撤销兴泉永道，以其辖区设南路道（1914年改为厦门道），道台衙署设在厦门。同年4月，厦门岛、金门岛及附近的岛屿（不包括鼓浪屿）从同安县划出成立思明县。1915年1月，大、小金门岛和大、小嶝岛从思明县析出，设立金门县。1933年11月，国民革命军第十九路军发动“闽变”，成立“中华共和国人民革命政府”，升思明县为厦门市，旋改厦门特别市。翌年1月“闽变”失败，厦门特别市随之撤销，恢复思明县建制。1935年4月1日，厦门市正式成立，为福建省直辖市，市区范围即今将军祠以西、厦门大学以北、湖滨南路以南约10平方公里范围；禾山设特别区，直属省政府及第四行政督察区管辖。1937年9月，禾山特别区改为甲种区，划归厦门市管辖，厦门市辖区始扩大到全岛。1945年抗日战争胜利，鼓浪屿公共租界由国民政府收回，设置鼓浪屿区。厦门市辖厦西、厦南、厦港、禾山和鼓浪屿5个区。翌年并厦西、厦南为中心区。1948年3月析中心区置开元区，同年10月中心区改名思明区。至此，厦门市辖开元、思明、厦港、鼓浪屿、禾山5个区，下设57个保。

【中华人民共和国成立后】  1949年10月17日厦门解放。同年10月21日正式成立厦门市人民政府，下设思明、开元、厦港、鼓浪屿、禾山5个区。1953年11月，同安县集美乡划归厦门市，并改为镇建制。厦门市管辖范围开始拓展到岛外。1957年4月，同安县灌口区的东孚等12个乡（镇）划归厦门市。1958年10月，海澄县（今龙海市）的海沧、新垵2个乡也划入厦门市。厦门市政府将禾山区、集美镇、灌口镇和海沧镇所属各乡合并，成立郊区。1970年7月，同安县改属晋江专区。1973年9月复归厦门市管辖。“文化大革命”期间，思明区改名向阳区，开元区改名东风区，“文化大革命”结束后，恢复原名。1978年9月设置杏林区，将郊区的杏林公社划归杏林区管辖。至1980年厦门经济特区建立前，厦门市辖思明区、开元区、鼓浪屿区、郊区、杏林区和同安县。

  1980年10月，国务院正式批准在厦门湖里划出2.5平方公里设立经济特区，同年11月成立厦门经济特区管理委员会，直属福建省人民政府。1984年5月，中共中央、国务院决定把厦门经济特区的范围扩大到厦门全岛（包括鼓浪屿），并实行自由港的某些政策。同年9月，厦门经济特区管理委员会与厦门市人民政府合并，厦门市人民政府行使地方和经济特区的双重职能。1987年8月，厦门市区级行政区划进行调整，增设湖里区，郊区改为集美区。1988年4月，国务院批准厦门为计划单列市，赋予相当于省一级的经济管理权限。1994年2月，国务院批准厦门市行政级别升格为副省级。1996年11月同安撤县改区，1997年5月厦门市同安区人民政府正式挂牌。

2003年5月，经国务院批准，福建省人民政府颁发《关于厦门市调整部分行政区划的批复》，同意撤销厦门市鼓浪屿区和开元区，其行政区域划归思明区管辖，杏林区更名为海沧区，设立翔安区。行政区调整后，厦门市下辖思明、湖里、集美、海沧、同安和翔安6个区，至2018年12月底不变。